一、个人简介 刘贇，男，1981年8月出生，博士，教授，博士研究生导师，中组部“青年千人计划”，上海市青年优秀学术带头人，全国卫生产业企业管理协会精准医疗分会理事，上海市生物信息学会理事，上海市医学会医学遗传学专科分会委员，Nature Communications等杂志审稿人。 主要经历： 1999-2003，复旦大学生命科学学院，生物学系，学士 2007-2009，美国约翰霍普金斯大学公共卫生学院，生物统计学系，硕士 2003-2009，美国约翰霍普金斯大学医学院，分子生物与遗传学系，博士 2009-2014，美国约翰霍普金斯大学医学院，表观遗传中心，博士后 2014-2025，复旦大学基础医学院，生物化学与分子生物学系，研究员 (2024-2025，复旦大学代谢分子医学教育部重点实验室，副主任) 2025-至今，江南大学，无锡医学院，教授 二、研究领域 主要研究方向是人类常见病及肿瘤的遗传、表观遗传调控机制，建立并开发了多种机器学习、深度学习人工智能算法和系统。 三、荣誉奖励 1. 2014年1月，中共中央组织部千人计划（青年） 2. 2020年10月，上海市科委优秀学术带头人（青年） 四、学术成果 （一）代表性项目 1.上海市科委计算生物学重点专项：靶向组装MHC单倍型精准解析类风湿性关节炎遗传致病性，2023-2026，主持。 2.国家自然科学基金面上项目：自闭症相关基因DLGAP2的鉴定及致病机制研究，2022- 2025，主持。 3.上海市科委优秀学术带头人（青年）：人类常见病的表观遗传调控及机制研究，2020-2023，主持。 4.上海市科委面上项目：酒精成瘾相关蛋白DLGAP2介导下的液-液相分离结构及其对突出信号传递的影响，2020-2023，主持。 5.国家自然科学基金面上项目：ORMDL3在类风湿关节炎中的作用及机制研究，2018-2021，主持。 （二）代表性论文 1.Lin, Y., Ma, J., Yuan, H., Chen, Z., Xu, X., Jiang, M., Zhu, J., Meng, W., Qiu, W.,Liu, Y.Integrating Reinforcement Learning and Monte Carlo Tree Search for enhanced neoantigen vaccine design.Briefings in Bioinformatics. (2024) 25(3):bbae247.(影响因子: 9.5) 2.Zhang, D.#, Jiang, D.#, Jiang, L.#, Ma, J.#, Wang, X., Xu, X., Chen, Z., Jiang, M., Ye, W., Wang, J., Meng, W., Qiu, W., Hou, Y., Huang, J., Jiao, Y.*,Liu, Y.*, Liu, Z.* HLA-A+tertiary lymphoid structures with reactivated tumor infiltrating lymphocytes are associated with a positive immunotherapy response in esophageal squamous cell carcinoma.British Journal of Cancer. (2024) 131(1):184.(影响因子: 8.8) 3.Chen, Z.#, Wang, X.#, Jin, Z.#, Li, B.#, Jiang, D., Wang, Y., Jiang, M., Zhang, D., Yuan, P., Zhao, Y., Feng, F., Lin, Y., Jiang, L., Wang, C., Meng, W., Ye, W., Wang, J., Qiu, W., Liu, H., Huang, D., Hou, Y., Wang, X., Jiao, Y.*, Ying, J.*, Liu, Z.*,Liu, Y.*Deep learning on tertiary lymphoid structures in hematoxylin-eosin predicts cancer prognosis and immunotherapy response.npj Precision Oncology. (2024) 8(1):73.(影响因子: 7.9) 4.Taotao Li#, Duo Du#, Dandan Zhang#, Yicheng Lin#, Jiakang Ma, Mengyu Zhou, Weida Meng, Zelin Jin, Ziqiang Chen, Haozhe Yuan, Jue Wang, Shulong Dong, Shaoyang Sun, Wenjing Ye, Bosen Li, Houbao Liu, Zhao Zhang, Yuchen Jiao, Zhi Xie, Wenqing Qiu*,Yun Liu*. CRISPR-based targeted haplotype-resolved assembly of a megabase region.Nature Communications. (2023) 14(1):22.(影响因子: 16.6) 5.Meng, W.#, Sjöholm, LK.#, Kononenko, O.#, Tay, N.#, Zhang, D.#, Sarkisyan, D.#, Geske, JR., Ing, A., Qiu, W., Watanabe, H., Almamoun, R., Frieling, H., Bleich, S., Cui, D., Biernacka, JM., Mayfield, RD., Dang, Y., Karpyak, VM., Schumann, G.; IMAGEN Consortium, Bakalkin, G.#, Ekström, TJ.#,*, Rüegg, J.#,Liu, Y.#,*Genotype-dependent epigenetic regulation of DLGAP2 in alcohol use and dependence.Mol Psychiatry. (2021) 26(8):4367.(影响因子: 11.64) 6.Qiu, W., Xu, Z., Zhang, M., Zhang, D., Fan, H., Li, T., Wang, Q., Liu, P., Zhu, Z., Du, D., Tan, M., Wen, B.,Liu, Y.Determination of local chromatin interactions using a combined CRISPR and peroxidase APEX2 system.Nucleic Acids Res. (2019) 47(9):e52(影响因子: 11.56) 7.Liu, Y.#, Li, X.#, Aryee, MJ., Ekstrom, TJ., Padyukov, L., Klareskog, L., Vandiver, A., Moore, AZ., Tanaka, T., Ferrucci, L., Fallin, MD., Feinberg, AP. GeMes: Clusters of DNA methylation under genetic control can inform genetic and epigenetic analysis of disease.Am J Hum Genet, (2014) 94:485-495(影响因子: 11.2) 8.Liu, Y.#, Aryee, MJ.#, Padyukov, L.#, Fallin, MD.#, Hesselberg, E., Runarsson, A., Reinius, L., Acevedo, N., Taub, M., Ronninger, M., Shchetynsky, K., Scheynius, A., Kere, J., Alfredsson, L., Klareskog, L.*, Ekstrom, TJ.*, and Feinberg, AP*. Epigenome-wide association data implicate DNA methylation as an intermediary of generic risk in Rheumatoid Arthritis.Nat. Biotechnol., (2013) 31:142-147(影响因子: 32.44) （三）代表性专利 1.2022.08，发明专利，一种分离和富集以及从头组装MHC基因的方法 2.2023.10，发明专利，一种基于宫颈细胞的多类别分类与置信度判别方法 五、联系方式 通讯地址：江苏省无锡市蠡湖大道1800号无锡医学院A317室 邮箱：yliu39@jiangnan.edu.cn |
